Przed rozpoczęciem badania znieczulamy tylną ścianę gardła roztworem lignokainy w areozolu oraz na końcówkę aparatu nakładamy środek znieczulający w postaci żelu. Pozwala to zmniejszyć odruchy wymiotne podczas badania. Środek znieczulający powoduje uczucie niewielkiego drętwienia w jamie ustnej, które ustępuje w krótkim czasie po badaniu.
Po przeprowadzeniu wywiadu i braku przeciwwskazań lekarz może zdecydować o głębszym znieczuleniu poprzez zastosowanie dożylnie środeka uspokajający (Midazolam - Dormicum). Jest to lek z grupy krótko działających leków wywołujących senność, dlatego krótki czas po badaniu może utrzymywać się uczucie oszołomienia.
Pacjent przez 24 godziny nie może prowadzić pojazdów lub obsługiwać urządzeń mechanicznych. Po podaniu Dormicum pacjent zostaje w pracowni ok. 0,5-1 godz. Opuszczenie pracowni endoskopii jest możliwe tylko w asyście osoby towarzyszącej.
Badanie będzie przeprowadzone w pozycji leżącej na lewym boku. Na początku będzie Pan/Pani poproszony/a o przygięcie głowy, zaciśnięcie zębów na specjalnym ustniku, przez który wprowadzany będzie endoskop. Jest to cienki, giętki i gładki instrument (średnicy ok. 10 mm lub 5,3 mm), który będzie wprowadzony przez usta i gardło do przełyku, a następnie do żołądka i dwunastnicy. Z pomocą specjalnego układu optycznego oraz miniaturowej kamery Video w rozdzielczości HD zainstalowanej na końcówce aparatu będzie możliwe uwidocznienie na ekranie monitora błony śluzowej i ocena jej wyglądu. Kamera wysokiej rozdzielczości umożliwia znacznie dokładniejszą, niż w standardowych endoskopach, ocenę przewodu pokarmowego. W czasie badania niezbędne jest wprowadzenie (wdmuchanie) przez oddzielny kanał w aparacie powietrza, co może wywołać uczucie niewielkiego wzdęcia i odbijanie. Jest to zjawisko normalne w trakcie badania i ustępuje zaraz po jego zakończeniu.
Nie wolno zaciskać, ani dotykać zębami aparatu. Endoskopista wprowadza aparat samodzielnie. Najczęściej badanie trwa do pięciu minut. Czas ten pozwala na ocenę zmian zapalnych błony śluzowej, nadżerek, owrzodzeń oraz innych patologii jak polipy czy nowotwory oraz pobranie z miejsc wątpliwych wycinków do badania histopatologicznego.
Standardowo w czasie badania, za pomocą specjalnych szczypczyków, pobierane są wycinki do badania histopatologicznego i/lub na test ureazowy, co umożliwia precyzyjne i jednoznaczne postawienie diagnozy.
Pobieranie takich wycinków jest zupełnie niebolesne, całkowicie bezpieczne i zwykle bardzo sprawne.